GAZİ ÜNİVERSİTESİ BİLGİ PAKETİ - 2019 AKADEMİK YILI

DERS TANIMI
BİOİNFORMATİK(SEÇ)/BMT-434
Dersin Adı: BİOİNFORMATİK(SEÇ)
Dersin Kredisi: 4 Ders AKTS : 5
Dersin Yarıyılı: 8 Dersin Türü : Seçmeli
DERS BİLGİLERİ
 -- DERS KATALOG TANIMI (İÇERİĞİ)
 -- TEMEL DERS KİTABI
 -- YARDIMCI DERS KİTAPLARI
 -- DERSİN ÖNKOŞULLARI
 -- DERSİN DİLİ
  Türkçe
 -- DERSİN AMACI ve HEDEFİ
 -- DERSİN ÖĞRENİM ÇIKTILARI
Biyoinformatik alanının tanımı, kapsamı ve tarihçesi hakkında bilgi sahibi olur
Çeşitli biyolojik veritabanları hakkında bilgi sahibi olur ve bu veritabanlarını tarayarak biyolojik veriye erişebilir
İkili ve çoklu dizi hizalama algoritmaları ve skor matrikslerini tanır
Benzerlik taramaları yapabilir ve sonuçlarını yorumlayabilir
Gereksinimleri doğrultusunda kendi primerlerini tasarlayabilir
Restriksiyon analizleri yapabilir
Birincil ve ikincil protein veritabanlarını (protein dizi, domain/aile ve yapı veritabanları) tanır ve tarayabilir
Proteinlerin fiziko-kimyasal özelliklerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını belirleyebilir

 -- DERSİN VERİLİŞ BİÇİMİ
  Bu ders sadece yüz yüze eğitim şeklinde yürütülmektedir.
 --DERSİN HAFTALIK DAĞILIMI
1. Hafta   Biyoinformatiğin Tanımı, Kapsamı ve Tarihçesi Biyolojik Veritabanları ve Bilgiye Erişim I
2. Hafta   Biyolojik Veritabanları ve Bilgiye Erişim I I Dizilerin Toplanması ve Depolanması: Dizilerin Veritabanlarına Sunulması; Dizi Formatları
3. Hafta  Önemli Biyoinformatik Merkezlerinin İncelenmesi I : NCBI , EBI , SIB Entrez Tarama ve Bilgi Alma Sistemi
4. Hafta   Önemli Biyoinformatik Merkezlerinin İncelenmesi II : S RS
5. Hafta   Dizi Karşılaştırma Yöntemleri I : Algoritmalar (Dot Matrix; Dinamik Programlama)
6. Hafta   Dizi Karşılaştırma Yöntemleri II : İkili Alignment Uygulamalar: BLAST
7. Hafta   Dizi Karşılaştırma Yöntemleri III : İkili Alignment Uygulamalar: FASTA
8. Hafta   Dizi Karşılaştırma Yöntemleri III : Çoklu Alignment: Yöntemler Filogenetik ağaç Oluşturma ve Uygulamaları: CLUS TAL W; T-Coffee; v b
9. Hafta   Ara Sınav - Proteinlerin sınıflandırılması ve ikincil veritabanlarının taranması
10. Hafta   Protein Analizleri
11. Hafta   Proteinlerin 3-boyutlu Yapılarının Görüntülenmesi: Ras Mol , Swis s -PdbViewer
12. Hafta   Primer Tasarlama (PCR İlkeleri; FAS TPCR)
13. Hafta   Restriksiyon Analizleri (Restriksiyon Enzimleri: Genel Bilgi; REBASE)
14. Hafta   Restriksiyon Analizleri (Restriksiyon Enzimleri: Genel Bilgi; REBASE)
15. Hafta  
16. Hafta  
 -- ÖĞRETİM FAALİYETLERİ
 -- DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ
 
Sayısı
Toplam Katkısı(%)
 Ara Sınav
1
40
 Ödev
1
20
 Uygulama
0
0
 Projeler
0
0
 Pratik
0
0
 Quiz
0
0
 Dönemiçi Çalışmaların Yıliçi Başarıya Oranı (%)  
60
 Finalin Başarıya Oranı (%)  
40
 -- DERSİN İŞ YÜKÜ
 Etkinlik  Toplam hafta sayısı  Süre (Haftalık Saat)  Dönem boyu toplam iş yükü
 Haftalık teorik ders saati
14
2
28
 Haftalık uygulamalı ders saati
14
2
28
 Okuma Faaliyetleri
10
1
10
 İnternette tarama, kütüphane çalışması
10
2
20
 Materyal tasarlama, uygulama
10
2
20
 Rapor hazırlama
0
 Sunu hazırlama
0
 Sunum
0
 Ara sınav ve ara sınava hazırlık
1
10
10
 Final sınavı ve final sınavına hazırlık
1
10
10
 Diğer
0
 TOPLAM İŞ YÜKÜ: 
126
 TOPLAM İŞ YÜKÜ / 25 : 
5.04
 DERSİN AKTS KREDİSİ: 
5
 -- PROGRAM ÖĞRENME ÇIKTILARI KATKI DÜZEYLERİ
NO
 PROGRAM ÖĞRENME ÇIKTILARI
1
2
3
4
5
1
Mühendislik, matematik ve fen konularında yeterli kuramsal ve uygulamalı bilgi birikimi edinip, Bilgisayar Mühendisliği problemlerini saptayabilme, tanımlayabilme, formüle edebilme.X
2
Bilgisayar Mühendisliği problemlerini çözmeye uygun analiz, modelleme ve tasarım yöntemlerini seçebilme ve uygulayabilme.X
3
Tanımlanmış bir hedef doğrultusunda, Bilgisayar Mühendisliği ile ilgili bir sistemi, süreci veya ürünü, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlayabilme; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulayabilme.X
4
Mühendislik çözümlerini, tasarımın niteliğine göre, güvenlik, dayanıklılık, uyarlanabilirlik, ekonomi, çevre sorunları, sürdürülebilirlik ve üretilebilirlik gibi öğeleri içeren gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında değerlendirebilme.X
5
Bilgisayar Mühendisliği problemlerinin analizi ve çözümü için benzetim (simülasyon) veya deney yapma ve tasarlama, sonuçları yorumlama becerisi. Sanayinin ihtiyaç duyduğu gerçek problemler için verileri çözümleme becerisi.X
6
Mühendislik uygulamaları için gerekli çağdaş teknikleri ve hesaplama araçlarını kullanabilme; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanabilme.X
7
Disiplin içi ve disiplinler arası etkin biçimde bireysel ve takım çalışması yapabilme. Bağımsız davranma, inisiyatif kullanma ve yaratıcılık becerisi.X
8
Fikirlerini Türkçe sözlü ve yazılı, açık ve öz bir şekilde ifade ederek etkin iletişim kurabilme. En az bir yabancı dili mesleği için etkin biçimde kullanabilme.X
9
Proje planlaması ve yönetimi yapabilme; iş hayatında girişimcilik, yenilikçilik v.b. yaklaşımların önemini kavrama becerisi.X
10
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliğini kavrayarak yeniliklere açık olma bilinci ile kendini yenileme becerisi.X
11
Mesleki ve ahlaki sorumluluk bilincine sahip olma.X
12
Özgüven, zorluklardan yılmama, kararlılık, sabır gibi kişilik özelliklerinin geliştirilmesi.X
13
Çağımızın sosyal, ekonomik, çevresel vb. sorunları hakkında farkındalık ve mühendislik mesleğini bu farkındalığın getirdiği sorumluluk bilinci ile gerçekleştirme.X
 -- ÖĞRETİM ELEMAN(LAR)I
   (Bölüm Başkanlığı)
 -- ÖĞRETİM ELEMANI WEB SİTESİ/SİTELERİ
   (http://tf-bm.gazi.edu.tr/)
 -- ÖĞRETİM ELEMANI E-POSTASI/E-POSTALARI
   ( http://tf-bm.gazi.edu.tr/)