GAZİ ÜNİVERSİTESİ BİLGİ PAKETİ - 2019 AKADEMİK YILI

DERS TANIMI
BİOİNFORMATİK(SEÇ)/BM-434
Dersin Adı: BİOİNFORMATİK(SEÇ)
Dersin Kredisi: 4 Ders AKTS : 6
Dersin Yarıyılı: 8 Ders Türü : Seçmeli
DERS BİLGİLERİ
 -- DERSİN DİLİ
  Türkçe
 -- ÖĞRETİM ELEMAN(LAR)I
  Bölüm Başkanlığı
 -- ÖĞRETİM ELEMANI WEB SİTESİ/SİTELERİ
  http://tf-bm.gazi.edu.tr/
 -- ÖĞRETİM ELEMANI E-POSTASI/E-POSTALARI
  http://tf-bm.gazi.edu.tr/
 -- ÖĞRENME ÇIKTILARI
1. Biyoinformatik al anının tanımı, kapsamı ve tarihçesi hakkında bilgi sahibi olur
2. Çeşitli biyolojik veritabanları hakkında bilgi sahibi olur ve bu veritabanlarını tarayarak biyolojik veriye erişebilir
3. İkili ve çoklu dizi hizalama algoritmaları ve skor matrikslerini tanır
4. Benzerlik taramaları yapabilir ve sonuçlarını yorumlayabilir
5. Gereksinimleri doğrultusunda kendi primerlerini tasarlayabilir
6. Restriksiyon analizleri yapabilir
7. Birincil ve ikincil protein veritabanlarını (protein dizi, domain/aile ve yapı veritabanları) tanır ve tarayabilir
8. Proteinlerin fiziko-kimyasal özelliklerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını belirleyebilir

 -- DERSİN VERİLİŞ BİÇİMİ
  Bu ders sadece yüz yüze eğitim şeklinde yürütülmektedir.
 -- DERSİN ÖNKOŞULLARI
  Bu dersin önkoşulu yada eş koşulu bulunmamaktadır.
 -- ÖNERİLEN DERSLER
  Bu dersle ilişkili önerilen başka dersler bulunmamaktadır.
 --DERS İÇERİĞİ
1. Hafta  Biyoinformatiğin Tanımı, Kapsamı ve Tarihçesi Biyolojik Veritabanları ve Bilgiye Erişim I
2. Hafta  Biyolojik Veritabanları ve Bilgiye Erişim I I Dizilerin Toplanması ve Depolanması: Dizilerin Veritabanlarına Sunulması; Dizi Formatları
3. Hafta  Önemli Biyoinformatik Merkezlerinin İncelenmesi I : NCBI , EBI , SIB Entrez Tarama ve Bilgi Alma Sistemi
4. Hafta  Önemli Biyoinformatik Merkezlerinin İncelenmesi II : S RS
5. Hafta  Dizi Karşılaştırma Yöntemleri I : Algoritmalar (Dot Matrix; Dinamik Programlama)
6. Hafta  Dizi Karşılaştırma Yöntemleri II : İkili Alignment Uygulamalar: BLAST
7. Hafta  Dizi Karşılaştırma Yöntemleri III : İkili Alignment Uygulamalar: FASTA
8. Hafta  Dizi Karşılaştırma Yöntemleri III : Çoklu Alignment: Yöntemler Filogenetik ağaç Oluşturma ve Uygulamaları: CLUS TAL W; T-Coffee; v b
9. Hafta  Ara Sınav
10. Hafta  Proteinlerin sınıflandırılması ve ikincil veritabanlarının taranması
11. Hafta  Protein Analizleri
12. Hafta  Proteinlerin 3-boyutlu Yapılarının Görüntülenmesi: Ras Mol , Swis s -PdbViewer
13. Hafta  Primer Tasarlama (PCR İlkeleri; FAS TPCR)
14. Hafta  Restriksiyon Analizleri (Restriksiyon Enzimleri: Genel Bilgi; REBASE)
15. Hafta  Restriksiyon Analizleri (Restriksiyon Enzimleri: Genel Bilgi; REBASE)
16. Hafta  Final
 -- ZORUNLU YA DA ÖNERİLEN KAYNAKLAR
  1.I ntroduction to Bioinformatics : a Theoretical and Practical Approach. Krawetz, S .A. and Wombl e, D.D. (ed.). Humana Pres s , Totowa, New Jers ey, 2003. 2. I ntroduction to Bioinformatics . Les k, A.M. (ed.). Oxford Univ ers ity Pres s , Oxford , New York,2008. 3. Bioinformatics : Genes , Proteins and Computers . Orengo, C., Jones , D. and Thornton, J. (eds .). Garl and S cience/BIOS S cientific Publ is hers , New York, 2003.
 -- ÖĞRETİM YÖNTEM VE TEKNİKLERİ
   Anlatım, Soru-Yanıt, Gösterme, Uygulama - Alıştırma
 -- STAJ / UYGULAMA
  UYGULAMA
 -- DEĞERLENDİRME YÖNTEMİ VE GEÇME KRİTERLERİ
 
Sayısı
Toplam Katkısı(%)
 Ara Sınav
1
30
 Ödev
1
20
 Uygulama
0
0
 Projeler
0
0
 Pratik
0
0
 Quiz
0
0
 Yıliçinin Başarıya Oranı (%)  
50
 Finalin Başarıya Oranı (%)  
50
 -- İŞ YÜKÜ
 Etkinlik  Toplam hafta sayısı  Süre (Haftalık Saat)  Dönem boyu toplam iş yükü
 Haftalık teorik ders saati
14
5
70
 Haftalık uygulamalı ders saati
12
5
60
 Okuma Faaliyetleri
0
 İnternette tarama, kütüphane çalışması
0
 Materyal tasarlama, uygulama
0
 Rapor hazırlama
0
 Sunu hazırlama
0
 Sunum
0
 Ara sınav ve ara sınava hazırlık
1
10
10
 Final sınavı ve final sınavına hazırlık
1
10
10
 Diğer
0
 TOPLAM İŞ YÜKÜ: 
150
 TOPLAM İŞ YÜKÜ / 25 : 
6
 DERSİN AKTS KREDİSİ: 
6
 -- PROGRAM ÖĞRENME ÇIKTILARI KATKI DÜZEYLERİ
NO
PROGRAM ÖĞRENME ÇIKTILARI
1
2
3
4
5
1
Mühendislik, matematik ve fen konularında yeterli kuramsal ve uygulamalı bilgi birikimi edinip, Bilgisayar Mühendisliği problemlerini saptayabilme, tanımlayabilme, formüle edebilme.X
2
Bilgisayar Mühendisliği problemlerini çözmeye uygun analiz, modelleme ve tasarım yöntemlerini seçebilme ve uygulayabilme.X
3
Tanımlanmış bir hedef doğrultusunda, Bilgisayar Mühendisliği ile ilgili bir sistemi, süreci veya ürünü, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlayabilme; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulayabilme.X
4
Mühendislik çözümlerini, tasarımın niteliğine göre, güvenlik, dayanıklılık, uyarlanabilirlik, ekonomi, çevre sorunları, sürdürülebilirlik ve üretilebilirlik gibi öğeleri içeren gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında değerlendirebilme.X
5
Bilgisayar Mühendisliği problemlerinin analizi ve çözümü için benzetim (simülasyon) veya deney yapma ve tasarlama, sonuçları yorumlama becerisi. Sanayinin ihtiyaç duyduğu gerçek problemler için verileri çözümleme becerisi.X
6
Mühendislik uygulamaları için gerekli çağdaş teknikleri ve hesaplama araçlarını kullanabilme; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanabilme.X
7
Disiplin içi ve disiplinler arası etkin biçimde bireysel ve takım çalışması yapabilme. Bağımsız davranma, inisiyatif kullanma ve yaratıcılık becerisi.X
8
Fikirlerini Türkçe sözlü ve yazılı, açık ve öz bir şekilde ifade ederek etkin iletişim kurabilme. En az bir yabancı dili mesleği için etkin biçimde kullanabilme.X
9
Proje planlaması ve yönetimi yapabilme; iş hayatında girişimcilik, yenilikçilik v.b. yaklaşımların önemini kavrama becerisi.X
10
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliğini kavrayarak yeniliklere açık olma bilinci ile kendini yenileme becerisi.X
11
Mesleki ve ahlaki sorumluluk bilincine sahip olma.X
12
Özgüven, zorluklardan yılmama, kararlılık, sabır gibi kişilik özelliklerinin geliştirilmesi.X
13
Çağımızın sosyal, ekonomik, çevresel vb. sorunları hakkında farkındalık ve mühendislik mesleğini bu farkındalığın getirdiği sorumluluk bilinci ile gerçekleştirme.X